Der Weiher von Sépey ist ein schweizweit bedeutender Ort für die Erhaltung von Amphibien und mit seinen 14 von 18 in der Schweiz registrierten Amphibienarten eines der reichsten Naturschutzgebiete des Landes. 

Das Naturschutzgebiet von Sépey ist ebenfalls ein beliebte Zwischenstation für Zugvögel. Eine Studie hat im Wald und auf den Teichen um die 100 Vogelarten gezählt, und auch viele, die das ganze Jahr über bleiben. Es hat auch viele Wasservögel. 

Im Weiher gibt es auch zahlreiche Fische, darunter Karpfen, deren Grösse einem Meter nahekommt.